En téléchargeant et en installant le CYPE Menu, seul le menu des logiciels CYPE sera installé, c'est-à-dire qu'aucune des applications qu'il contient ne sera téléchargée ou installée. Initialement, chacune des icônes représentant les applications du CYPE Menu est inscrite dans un cadre à fond gris. Lorsque vous cliquez pour la première fois sur l'une d'entre elles (ou sur le bouton situé sous le nom de l'application), un menu contextuel s’afficher permettant de télécharger et d'installer la dernière version de cette application ou une version antérieure si elle est disponible. Les versions antérieures (depuis la version 2024) seront disponibles pour les logiciels comprenant des modules payants. Normalement, les applications gratuites ne permettent d'installer que la dernière version de ces logiciels. Il est possible de désinstaller une version installée de n'importe quelle application.
Lorsqu'une application a été installée, en cliquant sur le bouton situé sous son nom, le menu contextuel qui apparaît comprend l'option ‘Désinstaller’.