Ao descarregar e instalar o CYPE Menu, o utilizador apenas terá acesso ao menu dos programa CYPE, não serão descarregadas nem instaladas nenhuma das aplicações incluídas no mesmo. Inicialmente, cada um dos ícones que representam as aplicações do CYPE Menu apresenta um fundo cinzento. Ao clicar pela primeira vez num deles (ou no botão sob o nome da aplicação), aparecerá um menu contextual que permitirá descarregar e instalar a última versão dessa aplicação ou uma versão anterior, se estiver disponível. As versões anteriores (a partir da 2024) estarão disponíveis para os programas que incluem módulos pagos. Por norma, as aplicações gratuitas só permitem a instalação da versão mais recente. É possível desinstalar uma versão instalada de qualquer aplicação.
Após a instalação de uma aplicação, se clicar no botão sob o seu nome, o menu contextual que aparece apresenta a opção "Desinstalar".