CYPE Memorias CTE se organiza en cuatro secciones principales, ubicadas en la parte superior izquierda de la pantalla: "Datos generales", "Proyecto básico", "Proyecto básico + ejecución" y "Resumen fichas BIMserver.center".

Cada sección dispone de un menú en forma de árbol desplegable, situado en el lateral izquierdo.

Además, en la barra de herramientas principal, en el bloque derecho, se encuentra la sección "Opciones". Desde aquí, el programa ofrece una serie de herramientas para gestionar la documentación generada, tales como la búsqueda de textos, el estado y la impresión de documentos, y los estilos de maquetación. Estas herramientas pueden utilizarse desde cualquiera de las secciones mencionadas anteriormente.