Con la descarga e instalación de CYPE Menu, el usuario sólo tendrá instalado el menú de los programas de CYPE, pero no estarán descargadas ni instaladas ninguna de las aplicaciones que incluye. Inicialmente, cada uno de los iconos que representan las aplicaciones de CYPE Menu se inscriben en un recuadro con fondo gris. Cuando se pinche por primera vez en alguno de ellos (o en el botón que hay bajo el nombre de la aplicación), aparecerá un menú contextual que permitirá descargar e instalar la última versión de esa aplicación o una versión anterior si está disponible. Las versiones anteriores (desde la 2024) estarán disponibles para aquellos programas que incluyen módulos de pago. Normalmente, las aplicaciones gratuitas sólo permitirán instalar la última versión de estos programas. Es posible desinstalar una versión instalada de cualquier aplicación.
Cuando se haya instalado una aplicación, si se pulsa el botón que aparece bajo su nombre, el menú contextual que se despliega incluye la opción "Desinstalar".